亚述已无力威胁地中海沿岸，但复兴的巴比伦显然与普萨美提克的愿望背道而驰。他希望一个衰弱的亚述能够继续存在，作为巴勒斯坦-叙利亚地区与新兴的巴比伦及东北方野蛮人之间的缓冲区。因此，在他年轻时曾称他为附庸的那个帝国，在他晚年却被支持作为一个缓冲国，以对抗另一个前亚述附庸——巴比伦的崛起。
当普萨美提克得知那波帕拉萨尔（Nabopolassar）入侵美索不达米亚的消息时，他立即调动军队，只是由于巴比伦人的匆忙撤离，他的部队才未能在尼普尔附近的加布林努（Gablinu）追上他们。那波帕拉萨尔随后尝试沿底格里斯河东岸进军，并渡河抵达亚述城。该城虽被围困，但巴比伦人的围攻却以失败告终。那波帕拉萨尔在幼发拉底河和底格里斯河上的攻势分别被普萨美提克和辛-沙里-伊什昆（Sin-shar-ishkun）所遏制。至此，亚述的局势尚不算对未来发展不利。
然而，不幸的是，此时正是亚述的另一宿敌——米底人选择介入斗争的时刻。由基亚克萨雷斯（Cyaxares）率领的米底军队于公元前614年8月出现在尼尼微城下，但未能攻占该城。之后，基亚克萨雷斯沿底格里斯河向下游进发至亚述城。此举却违背了那波帕拉萨尔的意愿，因为他并不希望看到自己过去的努力付诸东流，也不希望亚述落入可能成为竞争对手的米底人手中。于是那波帕拉萨尔急忙派遣军队“支援米底人”，但“米底人”并不希望看到亚述落入那波帕拉萨尔之手，也无意接受他的“支援”。因此，基亚克萨雷斯立即对亚述城发起攻击，当那波帕拉萨尔率军赶到时，他面对的已是既成事实。既然已掌控了古老的亚述首都，基亚克萨雷斯便愿意与这位掌握大量兵力的统帅达成协议。双方在亚述城的废墟中建立了友谊与联盟，并通过那波帕拉萨尔之子尼布甲尼撒（Nebuchadnezzar）与基亚克萨雷斯之子阿斯提亚格斯（Astyages）的女儿阿米提斯（Amyitis）的联姻来巩固这一协定。
到公元前612年6月，一切准备就绪，尼尼微将迎来最后的进攻。那波帕拉萨尔和基亚克萨雷斯集结部队沿底格里斯河向上游行军。从6月至8月间经历了三场战斗后，城市遭到袭击、占领并被彻底摧毁，最终被风沙掩埋，其遗址被遗忘数世纪之久，甚至有人在昔日繁华强盛的城市遗址上耕种。巴比伦编年史简短地记载：“民众与贵族遭受了巨大屠杀；敌人掠走了无法计数的战利品，将城市化为瓦砾。”这与纳鸿书关于尼尼微陷落的预言相呼应：“夺取银器，夺取金器；财宝无穷，珍奇无数。她空虚、荒凉、全无！遍地尸首堆积，尸体无数，无人能尽其数，众人在其尸体上绊倒。”
宫殿与神庙在米底人和巴比伦人的手中被烈火焚毁，灰烬与烧焦的雕塑仍可证明当时火焰的炽烈程度。巴比伦人在此次行动中仅扮演次要角色，主要攻势由米底人承担。巴比伦士兵并非特别优秀，真正完成艰难任务的是基亚克萨雷斯。然而，在瓜分战利品时，那波帕拉萨尔懂得为自己争取最大的利益。他吞并了埃兰、底格里斯河以东的某些其他地区以及通往叙利亚和巴勒斯坦的幼发拉底河流域，而基亚克萨雷斯则获得了亚述（狭义上的）、美索不达米亚和小亚细亚的一部分。
“敌人完成了彻底的破坏工作，”R.C.汤普森（Thompson）说道，“阶梯状土丘上的宏伟宫殿、庄严神庙被毁坏，宝藏被盗一空。亚述巴尼帕的伟大图书馆藏有成千上万块精心收集的泥板，如今已被拆散，内容散落于废墟之中。伊斯塔尔神庙的辉煌不再，这座位于辛纳赫里布宫殿东侧的圣地再无人礼拜，其雕像早在数百年前由亚述-贝尔-卡拉（Ashur-bel-kala）骄傲地供奉，如今却头颅失落，俯卧尘埃之中。尼尼微的第二座伟大神庙，献给纳布（Nabu）的圣殿，位于亚述巴尼帕宫殿的西南角，基础坚固、墙壁高耸，亚述巴尼帕曾在此以石碑记录他对神的虔诚与胜利。敌人进攻时将其破坏殆尽，石地板破碎，祭司引以为傲的小型图书馆也被打散，仅剩基础结构。曾经繁花似锦的花园，杏花盛开、百合芬芳、棉花种植之地，狮子漫步、鹳鸟鸣叫之处，如今皆化为荒芜。”
西番雅书的预言详尽实现，仿佛是一篇事后预言：“祂[耶和华]必伸手攻击北方，毁灭亚述，使尼尼微变为荒场，干旱如同旷野。羊群必躺卧其中，各类野兽皆然。鹈鹕与猫头鹰必栖息其门框之上；歌声将在窗户中回荡，门槛处满是荒凉，因为雪松木料暴露在外。这就是那欢愉之城，安居无忧，心中自言：‘唯我独存，别无他人。’她何以沦为荒场，成为野兽栖息之所？凡经过者无不嗤笑，摇动手掌。”（西番雅书 2:13-15）
根据狄奥多罗斯（Diodorus）和色诺芬（Xenophon）的记载，尼尼微的陷落唯有借助一场暴雨和雷电引发的洪水才得以实现，这场洪水冲破了城墙长达二十斯塔迪昂的一段。这与纳鸿书 1:8 的描述相符：“祂以泛滥的洪水彻底摧毁其宫殿，黑暗追逐祂的敌人。”以及 2:6：“河流之门将开启，宫殿将崩塌。”这一切与C.J.加德（Gadd）发现并出版于《尼尼微的陷落》中的那波帕拉萨尔编年史所指示的季节非常吻合。从该编年史我们知道，尼尼微的最后围攻持续了从西弯月（Sivan）到亚布月（Ab），即大约从6月初到8月某个时间。尼尼微地区的最大降雨通常发生在3月，伴随亚美尼亚积雪融化，结果是底格里斯河——尼尼微所在之处——在4月和5月达到最高水位，并于5月底开始回落。显然，米底人和巴比伦人利用了前一年春季异常高涨的底格里斯河水造成的破坏，集中力量攻击了唯一脆弱的城墙部分。
尼尼微的陷落标志着亚述历史的终结。我们稍作停顿，不禁想起纳鸿的话：“亚述王啊，你的牧人沉睡，你的贵胄安卧于尘土；你的人民散布于山间，无人召集。你的伤痛无法治愈。”（纳鸿书 3:18-19）仅有少数亚述人逃离尼尼微继续抗争。一位名叫亚述-乌巴拉特（Ashur-uballit）的亚述贵族逃脱了巴比伦军队的追击，并在埃及的支持下自称“亚述王”，定都于美索不达米亚的新首都哈兰（Harran）。哈兰位于尼尼微通往地中海的路上，自古以来便是帝国的某种西都。此外，它还直接便于埃及军队进入，新国王必须依赖这些援军。基亚克萨雷斯于公元前612年9月凯旋归国。那波帕拉萨尔占领尼西比斯（Nisibis），并向鲁萨普（Rusapu）地区征收贡赋，但显然不愿在山区过冬，尤其是他的盟友已经回国；他也返回巴比伦，让亚述人在哈兰等待。
次年，继尼尼微的大事件之后，活动明显放缓。那波帕拉萨尔进军这个新的“亚述之地”，但最终不得不召唤米底人相助，亚述-乌巴拉特及其盟友被迫逃过幼发拉底河。哈兰被彻底洗劫，伟大的月神庙被毁。然而，这并未削弱未被征服的亚述-乌巴拉特的斗志。刚继位的埃及法老尼科二世（Necho II）派遣一支大军支援他，同年7月，亚述-乌巴拉特再次出现在美索不达米亚。他渡过幼发拉底河，切断了一支巴比伦驻军，并直至9月不断对哈兰发起一轮又一轮的进攻。此时那波帕拉萨尔赶来支援自己的部队，并在战场上击败了亚述-乌巴拉特。关于他的结局我们一无所知。
公元前608年，尼科亲自出现在叙利亚。他的目标是联合剩余的亚述残部并确保对巴勒斯坦的控制。犹大王约西亚（Josiah）试图阻止他的推进，但在米吉多战役中战败身亡，尼科继续向幼发拉底河挺进，并在使犹大臣服后继续前行。（列王纪下 23:29以下；历代志下 35:20以下）
根据钦定版圣经（King James Version）列王纪下 23:29 的记载，尼科是“反对亚述王”而去的。然而，根据那波帕拉萨尔编年史和约瑟夫斯（Josephus）的记载，埃及法老实际上是去对抗米底人和巴比伦人。显然，此处希伯来语的“עַלי”等同于“אֶלי”。（参见格森词典）
至此，让我们简要探讨一下为何约西亚会在尼科前往幼发拉底河途中加以阻拦。答案并不难寻。约西亚意识到亚述正处于垂死挣扎，急需援助；他信赖恢复崇拜的真神，试图阻止埃及的前进，不让亚述恢复往日的健康与力量；相反，他说，让她灭亡吧！他显然希望通过这种方式摆脱亚述的统治，重获独立。[43] 埃及军队与剩余的亚述部队于公元前605年在卡尔赫米什附近与巴比伦军队相遇，以决定西南亚地区的霸权归属问题。尼布甲拉撒尔认为自己是该地区的合法继承者，因为这一地区曾是亚述的附属国，而巴比伦人在米底人的帮助下征服了亚述。
由于患病，尼布甲拉撒尔无法亲自率军出征，因此他的长子尼布甲尼撒被委派指挥军队。他沿幼发拉底河右岸进军，袭击了埃及军队，并对敌人造成了毁灭性的打击。尼科及其部队被迫经由巴勒斯坦逃回尼罗河流域，而整个叙利亚地区落入巴比伦人之手。随后，腓尼基和非利士也被攻占。犹大曾是埃及的属国（列王纪下23:34），此时也向巴比伦臣服。列王纪下24:1记载：“约雅敬在位的时候，巴比伦王尼布甲尼撒上來，约雅敬作他的仆人三年。”同年，即公元前605年，但以理书1:1-7中所述事件发生：“犹大王约雅敬在位第三年，巴比伦王尼布甲尼撒来到耶路撒冷，将城围困。主将犹大王约雅敬交在他手里。巴比伦王吩咐太监长亚施毗拿，从以色列人的后裔中、王室宗亲里带进一些人来。”
如此，犹太人流亡巴比伦的历史始于公元前605年。尼布甲尼撒随后进军埃及。当他到达埃及河时，收到父亲尼布甲拉撒尔于公元前604年5月或6月去世的噩耗。他将带有叙利亚和犹太俘虏的军队交给友人，匆忙赶往巴比伦，在毫无争议的情况下被承认为国王，开始了一段辉煌且长久的统治。他是一位精力充沛、才华横溢的将领，无论身体还是心智都十分强健；他是当时近东地区最伟大的军事家、政治家和建筑师。耶利米书27:7记载，耶利米曾说：“万国都要侍奉他和他的儿子以及他孙子，直到他本国遭报的日子来到。” 约雅敬曾向尼布甲尼撒缴纳贡赋三年（列王纪下24:1）。但在国内一派民众的鼓动下，他违背了耶利米的强烈劝告（耶利米书21:9-11），拒绝再作为巴比伦的附庸。随后，尼布甲尼撒入侵巴勒斯坦并于公元前597年围困耶路撒冷。约雅敬被锁链束缚，准备被押解至巴比伦（历代志下36:6）。然而，在他被押解之前，他去世了。耶利米曾预言：“他必像驴一般被埋葬，尸体会被拖出去，抛在耶路撒冷城门之外。他的尸体必被抛弃，在日间受炎热，在夜间受寒霜”（耶利米书22:19；36:30）。普赖斯指出：“所有记录可能都是真实的：他在城池沦陷时与其他俘虏一同被捕，经审问仍表现出叛逆精神，于是被下令处死并被抛尸城外，未得安葬。”
尼布甲尼撒立约雅斤为约雅敬的继任者。三个月的时间足以测试这位年轻君主的态度。他对巴比伦宗主权的挑战再次引发了迦勒底军队对耶路撒冷的进攻。尼布甲尼撒兵临城下时，约雅斤投降。他偕同母亲及全体官员出城，希望得到宽恕。宽恕确实给予到无人被杀的程度，但约雅斤与其母、整个宫廷、七千名勇士、一千名工匠和铁匠被掳至巴比伦。这种流放政策不同于亚述人先前采取的方式，后者“分散其俘虏，使其迅速被邻邦同化，丧失维持自身民族生活的可能性。另一方面，尼布甲尼撒所掳的犹太俘虏因集中居住得以继续宗教仪式，从而保持其独特性。”
尼布甲尼撒的计划达到了双重目的：它保证了至少一段时间内西部地区的臣服，并为他提供了熟练工匠，以实现其重建巴比伦的宏伟计划。废黜国王玛探雅的二十一岁叔叔被授予空缺的王位，但其王国严格限于首都周边地区。他被迫在耶和华面前宣誓效忠新主，为了让他牢记誓言，他的名字被改为西底家（列王纪下24:10-12, 15-18；历代志下36:9-13）。起初，他忠于巴比伦主人，若非埃及法老霍弗拉（阿普里斯）试图重新夺回叙利亚，他或许会一直遵守誓言。霍弗拉煽动以东、摩押、亚扪、推罗和西顿人民反叛。他们派遣使者说服西底家加入叛乱并协助他们，不久犹大也成为叛军的一员。公元前588年，尼布甲尼撒出现在战场，围城战随之展开。耶利米建议投降，并承诺如若投降将获得宽恕和生命保障，但他的建议未被采纳。埃及人信守誓言前来援助西底家，迫使巴比伦人暂时解除围困，但他们仅用足够时间击败埃及人并将他们驱逐回尼罗河流域。巴比伦人从追击埃及人的行动中返回，重新包围耶路撒冷。约在公元前586年7月，城墙被突破，巴比伦军队涌入城内。西底家及其战士当夜从东南角靠近王宫花园和西罗亚池之间的双墙间的城门逃走，企图抵达阿拉伯旷野，进而向东约旦地区撤退，但他们在耶利哥被追上。西底家被带到尼布甲尼撒面前，他的儿子们在他眼前被杀，随后他被剜去双眼，使他最后的视线成为其后代希望的终结。一个月后，为了防止这座坚固堡垒未来的反抗，耶路撒冷被彻底洗劫，圣殿、宫殿及其他重要建筑被焚毁，城墙被拆毁。剩下的少数贵族被流放到巴比伦，只有最贫穷的农民被留下作为葡萄园丁和农夫（列王纪下25:1-21）。繁荣的山地城镇全被摧毁，在我们的历史时期内再未重建。一些残存的犹太人由 Gedaliah 治理，他住在 Mizpah 的一座高塔和三间厚墙房间里，紧靠内城墙。耶利米从卫兵院被释放，并因削弱犹大叛军士气、预言耶路撒冷不可避免的灭亡而受到尼布甲尼撒的高度赞赏，被邀请带着荣誉前往巴比伦。然而，耶利米拒绝了邀请，随后带着从 Ramah 集结的俘虏中的礼物被送往 Mizpah 见 Gedaliah（耶利米书39:14；40:1-6）。游荡于荒野中的各支派领袖来到 Gedaliah 处，他鼓励他们在已占领的废弃城镇定居，并收集葡萄酒、夏季果实和油。大约四分之三的人口留了下来，主要是穷人。来自以东、摩押和亚扪的难民也加入了幸存者之中。
[46] 犹大的领袖和显要公民处于流放状态。其中许多人从事商业活动，在泰勒·阿比卜和阿哈瓦（位于尼普尔附近的凯巴尔河边）生活富裕。1893年发现的穆拉舒文献为尼普尔的犹太人情况提供了大量信息。这些契约碑文是穆拉舒父子公司的档案，该公司在阿尔塔薛西斯一世和大流士二世时期担任银行家和经纪人，涵盖公元464年至404年，几乎与象岛纸草文献（公元471年至411年）同期。现代称尼普尔为尼费尔或努法尔，位于巴比伦东南约五十英里处。尼普尔被一条重要的大型运河分为几乎相等的两部分，如今这条运河已干涸。在一块穆拉舒石碑上，这条运河被称为纳尔·卡巴里（大运河），这与以西结书1:1中的希伯来语词义一致。根据希尔普雷特的观点，“这是巴比伦本土最大的运河，‘大运河’中的佼佼者，它从幼发拉底河某处分支，贯穿国家内部南北大部分地区。它是带来生机与肥沃的主要动脉，将幼发拉底河与底格里斯河之间原本贫瘠的冲积平原转变为一片繁茂的花园。对于尼普尔——这个国家最古老和著名的城市——‘纳尔·卡巴里’的意义如同幼发拉底河对西帕尔和巴比伦，或尼罗河对埃及一样重大，因此被苏美尔人称为‘尼普尔的幼发拉底河’，被闪族巴比伦人称为‘大运河’，被后来的阿拉伯人口称为‘尼罗河’。”