织田信长从他的故乡尾张（近今日名古屋）开始的残酷扩张拉开了血腥统一进程的序幕。历史学家常将信长描述为残暴自私之人；的确，信长暴力镇压邻接村落，破坏了无数佛教寺院，烧毁寺院古老的藏经所，屠杀僧侣和信众。
然而，将信长表述为彻头彻尾的野蛮暴君则是错误的。他建立了宽松政策，将对半自治地区的封建统治和半中央集权的、官僚主义的征税机制结合到了一起，为之后的两个半世纪定下了基调。此外，他还着手解除农民的武装，因而也就令武士阶级同日本其他阶级之间的社会与政治区分趋向制度化。正是在这一基础上，信长的继任者丰臣秀吉1588年在全国范围内推行武器收缴（“刀狩”）。至17世纪早期，武士阶级之外的任何人携带刀具都成了违法行为，佩戴两把刀则成为武士这一少数阶级的特权和独特标志。
自1192年源赖朝获授将军称号、建立镰仓幕府以来，“将军”这一称号依传统由天皇授予，信长拒绝接受将军的称号，可谓是空前之举。信长秉持这一姿态，希望表明他并不从属于京都的天皇（这就是说，他不是天皇的“征夷大将军”），而是直接与日本的土地（日语称tenka，字面意思即普天之下）相联系，无须接受皇室的裁度。换言之，信长要求日本承认他的统治权，这种统治权不仰赖相对无权的皇室施与的任何宗教的或神秘主义的认可，而是基于某种现实政治（这就是说，他在统治方面的权力本身即已足够令其统治合法化）。然而很快，这一激进的做法被信长的后继者们否决：1603年，德川家康接受了天皇授予的将军称号，以稳定并合法化其新政权。德川治下的和平归根结底还是依赖天皇的许可。
信长的继任者丰臣秀吉独立奋斗而成众人领袖，他大约从1557年起就是信长的家臣。家世并不显赫的秀吉依靠他的战略才智迅速蹿升，通过建立细致的结盟体系，切实巩固了信长的成果。至1590年代，秀吉已是覆盖日本全土的大名联盟无可争辩的主人，围绕忠诚、感恩、义务和恐惧的盟誓将每个大名束缚在秀吉之下。他与一批可信赖的副手一起管理领土，副手们密切注视着铺展的联盟和众多宣誓过的军阀。然而，这一前所未有的联盟架构尽管得以成形，却有自掘坟墓的危险，因为它至少是部分地以战争中的赏罚分配为前提。秀吉担忧突然到来的全面和平会产生威胁、导致忠诚体系崩溃：如果不存在可分配给追随者的战利品，那么秀吉合法性的根基何在？与信长不同，为了支撑其合法性，秀吉积极索求天皇授予的将军称号。然而，秀吉提出的要求遭到了断然拒绝。作为最后的尝试，秀吉请求被废黜的足利义昭[2] （即使在被信长放逐后，义昭仍然保留着将军这一虚衔）将自己收为养子，以继承将军称号。义昭也拒绝了。最终，秀吉接受了关白（成年天皇的顾问）这一原本由藤原氏独占的称号。
日本的军事领导人与皇室之间存在权力对抗权威的关系，且已持续多个世纪。我们可以看到，秀吉也卷入了这种复杂微妙的政治关系。事实上，在德川治下的和平时期，这一政治安排的种种问题始终潜藏水下、隐而不彰，至19世纪海军准将佩里叩关，这些问题才在随叩关发生的一些事件中冲出水面。之后我们将会看到，在某些方面，这一动态关系始终存续，直至20世纪上半叶的太平洋战争。在当代日本，战后宪法在法律上明示了天皇的角色和地位，但天皇（如今是地球上仅存的皇帝[3] ）这一体制在政府（如今对握有主权的人民而不是天皇负责）合法性方面仍被赋予巨大威望和象征性权威。
秀吉渴求象征性的合法性与稳定性，但显然未能得到；在此情形下，他于1592年和1597年发动侵略朝鲜的战争，企图借此驱动“日本”的集体力量。必须指出，这种侵略并非法国大革命之后见于欧洲的那种现代民族战争，而是由企图从冒险中获取利益的武士集团主导的征伐：其间并不存在日本国民军队，在“刀狩”中，人口中的绝大多数已被系统地解除了武装。秀吉意识到，一些大名和大名之下的武士将他们的忠诚建立在战利品的分配上。然而，侵略带来了灾难性的结果，不仅未能支撑秀吉的地位，战争的失败还耗空了秀吉家族的金库，并销蚀了秀吉常胜将军的名号，为德川家康最终崛起创造了机会。尽管如此，秀吉未能得逞的侵略还是预示了新兴国家将国内的不满情绪导向海外征服的趋势。就日本而言，这种扩张主义的首选目标总会是朝鲜，19世纪与20世纪之交时也是如此。16世纪中期，耶稣会传教士开始在九州传教，秀吉对待传教士的方式也体现了他对外国事物的忧虑。信长也许是因为反对佛教寺院势力、否定天皇的宗教地位，故而比较接纳基督徒；秀吉则认为这些欧洲人的出现令人生疑且带着威胁，尤其在西班牙征菲律宾为殖民地后。1597年，秀吉将他的怒气转向耶稣会，迫害了众多传教士和改宗的日本人，至1598年，又将基督徒驱逐出日本。秀吉的这一步下启1635年著名的锁国令，锁国一直持续至佩里叩关前。锁国令禁止天主教存在，认为天主教是危险的、具有颠覆性的意识形态，并禁止所有日本国民离开日本或与荷兰人（也仅限在长崎的出岛这块狭小的贸易窗口）之外的任何欧洲强国接触。法令同时限制了与日本近邻的接触，至少在原则上（即便不是在事实上）限制经琉球王国（今冲绳）列岛与中国进行的贸易以及在狭小的对马岛领域与朝鲜进行的贸易。说锁国使德川时期的日本完全同外部世界隔离开来有些言过其实，但恰恰在欧洲萌发启蒙运动、推动现代科学和哲学的发展之时，这项政策导致日本对当时欧洲状况的了解极为有限。
1598年秀吉死后，他的副手们无力维持政权稳定，因为统一了日本的复杂联盟体系乃是系于秀吉一身。结果就导致了围绕继承权的斗争。最终是德川家康脱颖而出，经过1600年史诗般的关原之战，家康拥有了自己的军事力量和盟友，可与挑战他的联合军（仍然忠于丰臣政权）相抗。在家康取得胜利之后，不出三年，天皇就授予他将军称号，家康接受了。从1603年至1868年，天皇仍被隔绝在京都的宫殿之中，京都仍是名义上的都城，而德川幕府则在江户这一权力中心统治着和平的日本。将军一职一旦获得天皇的承认，就成为世袭的称号，这也就是用德川家族的姓氏命名那个时代的原因（有时也用当时的政府所在地江户来命名）。在1853年和1854年，正是德川幕府即江户政府遇上了佩里。
德川治下和平的轮廓与现代性的起源
家康和他的孙子家光在很大程度上决定了德川政权的社会与政治轮廓。战争状态破坏日本长达几个世纪，为了终结战事，家康和家光试图使针对日本长久政治问题的解决方案成为制度，而当时的政治问题主要是人际性、层级性的，牵涉到天皇和将军的关系、将军和大名的关系、大名和隶属于大名的武士之间的关系、武士和其他人群的关系，因而也就是日本的国民与将军的关系。
德川创建的制度化解决方案常被归结为幕藩体制（bakuhan taisei），这一体制表面上是一个封建的政治结构，在一个单一的体制中将幕府（帐幕/ 军人政权）与藩（大名统治的领地）联系起来。然而，对于这一体制是否确属封建，目前仍存争议。论争中的一个关键问题与现代时期有关联，关乎天皇和将军的动态关系：封建体制在其顶端容纳两种不同的制度权威——帝国权威和将军权力，这不同寻常。这样的张力是日本历史中不稳定性的典型来源。
家康以十分务实的方式解除了张力：他并不是只承认皇室的任命是幕府合法性的前提（这意味着他的将军职位处于相对下位），而是同时非常明确地表示皇室的存在完全依赖于幕府。这一依赖关系越过了第一批将军原本的授权范围（即作为天皇的剑来保护领土）。在早期现代世界，皇室面临贫困和崩溃的风险——为保自身的存续，皇室实际上仰赖德川提供的经济支持。
家康不可能让皇室消失，相反他让皇室为他所用。通过向皇室提供资金（并且让皇室留在京都，远离他的江户新政府），家康成功地提升了皇室的庄严与地位，但也进一步强调了皇室主要是象征的性质、进一步令皇室远离实际权力。同时，他可以利用天皇对幕府的依赖来支撑幕府的合法性。为回报幕府提供的经济支持，皇室事实上移交了其最后的残余权威，甚至包括在领土范围内授予皇家荣誉的权力。在许多方面，德川政权将皇室转化成了一种现代的君主立宪政体（尽管日本直至1868年才有了宪法，并且1868年宪法授予天皇的权力远远多过德川政权下天皇所享的权力）。
事实上，家康对这一具有惊人的现代特征的结构并不满意，他采取措施，赋予将军一职以独立于皇室的（甚至是同皇室竞争的）、自有的宗教及精神合法性。他在江户附近设立新的宗教场所（例如他自己的神社，位于日光[4] ），这些场所逐渐成为全国性崇祀场地，地位同包括伊势大神宫在内的传统皇室神社相当。实际上，宫中人士也须对这些德川神社致敬，并无任何特权。正如之前的信长，家康希望他的幕府不必受皇室的裁度，直接与天下相联系。德川政权不仅令天皇处于从属地位、成为政体的工具，同时又着手建立根本无须天皇的国家意识。上述两个进程在某种程度上相互冲突，德川政权于是未能成功地发展出非帝国的国家意识，这一失败反而成为19世纪革命性的动乱得以产生的重要条件。
天皇和将军的关系问题得到了稳定的解决后，下一个问题关乎将军和大名领主的关系。实际上，这可能是关原之战后最重要、最紧迫的问题，因为如果不能扎实地整合（并且圆满地安抚）军阀，任何政府体制都会遭遇毁灭。为此，家康采用了奖惩并用的方法，对于那些在关原之战中向他显示忠诚的大名（所谓的谱代大名），他拉拢并授予他们权力；而对曾经反对他的大名（所谓的外样大名），他则排挤并剥夺他们的权力。在事实上，这意味着让大名离开他们的传统领地（由此使大名与他们的基层权力根基分离开来），没收许多领主的土地，将广阔的土地再分配给德川家族本身，然后将剩下的土地分配给人数已大幅减少的大名群体。结果产生了大约180个大名，呈现新的分布状态，每个人都发誓效忠德川家族。这些大名被禁止在领地上建造多于一座的城池，也被禁止相互结盟；在形式上（即便不是在事实上），将军政治这一国家制度是大名相互联系的唯一纽带。谱代大名领有离江户和德川领地最近的土地，而外样大名则势必集中在外围，领萨摩和长州等偏远之地。
家康以这种方式保护了自己，但代价是无法严密监视最有可能憎恨他的权力的那些大名。不幸的是，由于种种因素，那些大名的领地也最有可能遭遇外国列强（并同外国开展贸易）。秀吉试图但未能将九州的基督徒斩草除根；家康的锁国令也并未切断日本同外部世界的所有联系。由于萨摩藩和长州藩师法外国、相对开放，至19世纪，两藩在日本国内的势力得到了尤为显著的增强。
实际上，上述中央集权化进程绵软无力，这部分是出于蓄意的手段，目的是缓和对中央集权化进程的抵触；同时也是因为现代民族国家典型的中央集权化程度在当时的日本尚属不可想象。各领地保持高度的财政自治——尽管大名有义务助力公共建设及其他支出，但当时并不存在一贯的、集中的税制——这一点很重要。全国范围内的财富差异因此十分显著。不过，德川政权向所有大名施加了一项极其重要的财政（战略）负担。1630年代后期，德川家光实行了参勤交代（sankin kôtai）制度，令日本的每个大名都有义务同时在江户和他们的自有领地保有居所。并且，大名事实上还被要求每隔一年就亲赴江户居住，而大名的直系亲属则必须永久居住在江户。大名的亲属实际上就是留在江户的人质，尽管他们获得厚待。
参勤交代制度在许多方面都对现代日本的发展有重要影响。首先，保留两处通常相距遥远的常居之所，再加上每隔一年就得带着全部随从从一处“迁行至”另一处，这就形成对大名资产的严重消耗，从而能有效地抑制大名自治权力的增长。此外，即使存有异心的大名在财政上能够承受战事，人质体制也使他们不能起而反对德川统治。不能低估这些因素在稳定德川统治方面所起的作用，尤其是在德川政权的初期，一些领主对过去几个世纪的战争带来的后果记忆犹新。然而，从长期来看，参勤交代制度对财政的冲击导致巨大的社会和政治张力，在佩里叩关之前，这样的张力就已促使德川政权走向衰亡。
参勤交代制度还导致了另一重要结果——催生了“国家”意识，而这在日本历史上可能属于前所未有。所有大名，无论来自何处、无论信仰为何，都必须有一半时间常住江户，这就巩固了江户作为日本实际首都的地位（即便京都仍在名义上保留首都之称）。并且，大名的这项义务是由国家法律规定的。这样，参勤交代制度不仅促使大名及其随员认同一个以国家为单位的组织形式，而且还强化了一个事实，即国家范围内的中央权威乃是幕府这一世俗机构，而非皇室这一传统而神圣的权威。此外，由于有一半时间远离故土领地，大名与其传统地方支持网络的关系大为削弱。原是地方性领主的大名，逐渐变成了全国性人物。
参勤交代制度一个重要的副作用是，它使碎片化的国家布满交通路线和贸易机会。大名及其随员的隔年迁行串起了沿途各地的经济，市镇和贸易站因此迅速增多，由此发展起来的道路网络在世界范围内也堪称惊人。这些成就中最大的奇迹包括大坂[5] （位于连接京都与江户的东海道干线道路沿线）的飞速发展，还包括中山道干线道路（跨越日本阿尔卑斯山脉）的建设。参勤交代制度着实开启了全国性市场经济（在17世纪时急剧增长）的发展，并为19世纪时经济的快速现代化打下了基础。
参勤交代制度促成的地区流动还启动了城市化进程。至17世纪末，江户已是地球上最大的城市，拥有超过100万人口。今日东京仍然是世界上规模最大的城市之一，属于这个大都市的人口超过3500万。[6] 京都和大坂这样的地方首府城市在当时约与伦敦或巴黎规模相当，拥有约35万人口。大阪如今仍是日本第二大城市。总体而言，在17世纪末，日本大约有10%的人口在较大规模的城市居住，是世界上城市化程度最高的国家之一。不仅如此，由于新的社会稳定（及连绵战事的终结）、国内贸易的增长、教育水平的提升和农耕技术的发展，日本的人口实际上在17世纪翻了一番，至17与18世纪之交，日本人口约达3300万。比较而言，当时英国的人口约为500万，并且要到19世纪下半叶始达3000万。
然而，将信长表述为彻头彻尾的野蛮暴君则是错误的。他建立了宽松政策，将对半自治地区的封建统治和半中央集权的、官僚主义的征税机制结合到了一起，为之后的两个半世纪定下了基调。此外，他还着手解除农民的武装，因而也就令武士阶级同日本其他阶级之间的社会与政治区分趋向制度化。正是在这一基础上，信长的继任者丰臣秀吉1588年在全国范围内推行武器收缴（“刀狩”）。至17世纪早期，武士阶级之外的任何人携带刀具都成了违法行为，佩戴两把刀则成为武士这一少数阶级的特权和独特标志。
自1192年源赖朝获授将军称号、建立镰仓幕府以来，“将军”这一称号依传统由天皇授予，信长拒绝接受将军的称号，可谓是空前之举。信长秉持这一姿态，希望表明他并不从属于京都的天皇（这就是说，他不是天皇的“征夷大将军”），而是直接与日本的土地（日语称tenka，字面意思即普天之下）相联系，无须接受皇室的裁度。换言之，信长要求日本承认他的统治权，这种统治权不仰赖相对无权的皇室施与的任何宗教的或神秘主义的认可，而是基于某种现实政治（这就是说，他在统治方面的权力本身即已足够令其统治合法化）。然而很快，这一激进的做法被信长的后继者们否决：1603年，德川家康接受了天皇授予的将军称号，以稳定并合法化其新政权。德川治下的和平归根结底还是依赖天皇的许可。
信长的继任者丰臣秀吉独立奋斗而成众人领袖，他大约从1557年起就是信长的家臣。家世并不显赫的秀吉依靠他的战略才智迅速蹿升，通过建立细致的结盟体系，切实巩固了信长的成果。至1590年代，秀吉已是覆盖日本全土的大名联盟无可争辩的主人，围绕忠诚、感恩、义务和恐惧的盟誓将每个大名束缚在秀吉之下。他与一批可信赖的副手一起管理领土，副手们密切注视着铺展的联盟和众多宣誓过的军阀。然而，这一前所未有的联盟架构尽管得以成形，却有自掘坟墓的危险，因为它至少是部分地以战争中的赏罚分配为前提。秀吉担忧突然到来的全面和平会产生威胁、导致忠诚体系崩溃：如果不存在可分配给追随者的战利品，那么秀吉合法性的根基何在？与信长不同，为了支撑其合法性，秀吉积极索求天皇授予的将军称号。然而，秀吉提出的要求遭到了断然拒绝。作为最后的尝试，秀吉请求被废黜的足利义昭[2] （即使在被信长放逐后，义昭仍然保留着将军这一虚衔）将自己收为养子，以继承将军称号。义昭也拒绝了。最终，秀吉接受了关白（成年天皇的顾问）这一原本由藤原氏独占的称号。
日本的军事领导人与皇室之间存在权力对抗权威的关系，且已持续多个世纪。我们可以看到，秀吉也卷入了这种复杂微妙的政治关系。事实上，在德川治下的和平时期，这一政治安排的种种问题始终潜藏水下、隐而不彰，至19世纪海军准将佩里叩关，这些问题才在随叩关发生的一些事件中冲出水面。之后我们将会看到，在某些方面，这一动态关系始终存续，直至20世纪上半叶的太平洋战争。在当代日本，战后宪法在法律上明示了天皇的角色和地位，但天皇（如今是地球上仅存的皇帝[3] ）这一体制在政府（如今对握有主权的人民而不是天皇负责）合法性方面仍被赋予巨大威望和象征性权威。
秀吉渴求象征性的合法性与稳定性，但显然未能得到；在此情形下，他于1592年和1597年发动侵略朝鲜的战争，企图借此驱动“日本”的集体力量。必须指出，这种侵略并非法国大革命之后见于欧洲的那种现代民族战争，而是由企图从冒险中获取利益的武士集团主导的征伐：其间并不存在日本国民军队，在“刀狩”中，人口中的绝大多数已被系统地解除了武装。秀吉意识到，一些大名和大名之下的武士将他们的忠诚建立在战利品的分配上。然而，侵略带来了灾难性的结果，不仅未能支撑秀吉的地位，战争的失败还耗空了秀吉家族的金库，并销蚀了秀吉常胜将军的名号，为德川家康最终崛起创造了机会。尽管如此，秀吉未能得逞的侵略还是预示了新兴国家将国内的不满情绪导向海外征服的趋势。就日本而言，这种扩张主义的首选目标总会是朝鲜，19世纪与20世纪之交时也是如此。16世纪中期，耶稣会传教士开始在九州传教，秀吉对待传教士的方式也体现了他对外国事物的忧虑。信长也许是因为反对佛教寺院势力、否定天皇的宗教地位，故而比较接纳基督徒；秀吉则认为这些欧洲人的出现令人生疑且带着威胁，尤其在西班牙征菲律宾为殖民地后。1597年，秀吉将他的怒气转向耶稣会，迫害了众多传教士和改宗的日本人，至1598年，又将基督徒驱逐出日本。秀吉的这一步下启1635年著名的锁国令，锁国一直持续至佩里叩关前。锁国令禁止天主教存在，认为天主教是危险的、具有颠覆性的意识形态，并禁止所有日本国民离开日本或与荷兰人（也仅限在长崎的出岛这块狭小的贸易窗口）之外的任何欧洲强国接触。法令同时限制了与日本近邻的接触，至少在原则上（即便不是在事实上）限制经琉球王国（今冲绳）列岛与中国进行的贸易以及在狭小的对马岛领域与朝鲜进行的贸易。说锁国使德川时期的日本完全同外部世界隔离开来有些言过其实，但恰恰在欧洲萌发启蒙运动、推动现代科学和哲学的发展之时，这项政策导致日本对当时欧洲状况的了解极为有限。
1598年秀吉死后，他的副手们无力维持政权稳定，因为统一了日本的复杂联盟体系乃是系于秀吉一身。结果就导致了围绕继承权的斗争。最终是德川家康脱颖而出，经过1600年史诗般的关原之战，家康拥有了自己的军事力量和盟友，可与挑战他的联合军（仍然忠于丰臣政权）相抗。在家康取得胜利之后，不出三年，天皇就授予他将军称号，家康接受了。从1603年至1868年，天皇仍被隔绝在京都的宫殿之中，京都仍是名义上的都城，而德川幕府则在江户这一权力中心统治着和平的日本。将军一职一旦获得天皇的承认，就成为世袭的称号，这也就是用德川家族的姓氏命名那个时代的原因（有时也用当时的政府所在地江户来命名）。在1853年和1854年，正是德川幕府即江户政府遇上了佩里。
德川治下和平的轮廓与现代性的起源
家康和他的孙子家光在很大程度上决定了德川政权的社会与政治轮廓。战争状态破坏日本长达几个世纪，为了终结战事，家康和家光试图使针对日本长久政治问题的解决方案成为制度，而当时的政治问题主要是人际性、层级性的，牵涉到天皇和将军的关系、将军和大名的关系、大名和隶属于大名的武士之间的关系、武士和其他人群的关系，因而也就是日本的国民与将军的关系。
德川创建的制度化解决方案常被归结为幕藩体制（bakuhan taisei），这一体制表面上是一个封建的政治结构，在一个单一的体制中将幕府（帐幕/ 军人政权）与藩（大名统治的领地）联系起来。然而，对于这一体制是否确属封建，目前仍存争议。论争中的一个关键问题与现代时期有关联，关乎天皇和将军的动态关系：封建体制在其顶端容纳两种不同的制度权威——帝国权威和将军权力，这不同寻常。这样的张力是日本历史中不稳定性的典型来源。
家康以十分务实的方式解除了张力：他并不是只承认皇室的任命是幕府合法性的前提（这意味着他的将军职位处于相对下位），而是同时非常明确地表示皇室的存在完全依赖于幕府。这一依赖关系越过了第一批将军原本的授权范围（即作为天皇的剑来保护领土）。在早期现代世界，皇室面临贫困和崩溃的风险——为保自身的存续，皇室实际上仰赖德川提供的经济支持。
家康不可能让皇室消失，相反他让皇室为他所用。通过向皇室提供资金（并且让皇室留在京都，远离他的江户新政府），家康成功地提升了皇室的庄严与地位，但也进一步强调了皇室主要是象征的性质、进一步令皇室远离实际权力。同时，他可以利用天皇对幕府的依赖来支撑幕府的合法性。为回报幕府提供的经济支持，皇室事实上移交了其最后的残余权威，甚至包括在领土范围内授予皇家荣誉的权力。在许多方面，德川政权将皇室转化成了一种现代的君主立宪政体（尽管日本直至1868年才有了宪法，并且1868年宪法授予天皇的权力远远多过德川政权下天皇所享的权力）。
事实上，家康对这一具有惊人的现代特征的结构并不满意，他采取措施，赋予将军一职以独立于皇室的（甚至是同皇室竞争的）、自有的宗教及精神合法性。他在江户附近设立新的宗教场所（例如他自己的神社，位于日光[4] ），这些场所逐渐成为全国性崇祀场地，地位同包括伊势大神宫在内的传统皇室神社相当。实际上，宫中人士也须对这些德川神社致敬，并无任何特权。正如之前的信长，家康希望他的幕府不必受皇室的裁度，直接与天下相联系。德川政权不仅令天皇处于从属地位、成为政体的工具，同时又着手建立根本无须天皇的国家意识。上述两个进程在某种程度上相互冲突，德川政权于是未能成功地发展出非帝国的国家意识，这一失败反而成为19世纪革命性的动乱得以产生的重要条件。
天皇和将军的关系问题得到了稳定的解决后，下一个问题关乎将军和大名领主的关系。实际上，这可能是关原之战后最重要、最紧迫的问题，因为如果不能扎实地整合（并且圆满地安抚）军阀，任何政府体制都会遭遇毁灭。为此，家康采用了奖惩并用的方法，对于那些在关原之战中向他显示忠诚的大名（所谓的谱代大名），他拉拢并授予他们权力；而对曾经反对他的大名（所谓的外样大名），他则排挤并剥夺他们的权力。在事实上，这意味着让大名离开他们的传统领地（由此使大名与他们的基层权力根基分离开来），没收许多领主的土地，将广阔的土地再分配给德川家族本身，然后将剩下的土地分配给人数已大幅减少的大名群体。结果产生了大约180个大名，呈现新的分布状态，每个人都发誓效忠德川家族。这些大名被禁止在领地上建造多于一座的城池，也被禁止相互结盟；在形式上（即便不是在事实上），将军政治这一国家制度是大名相互联系的唯一纽带。谱代大名领有离江户和德川领地最近的土地，而外样大名则势必集中在外围，领萨摩和长州等偏远之地。
家康以这种方式保护了自己，但代价是无法严密监视最有可能憎恨他的权力的那些大名。不幸的是，由于种种因素，那些大名的领地也最有可能遭遇外国列强（并同外国开展贸易）。秀吉试图但未能将九州的基督徒斩草除根；家康的锁国令也并未切断日本同外部世界的所有联系。由于萨摩藩和长州藩师法外国、相对开放，至19世纪，两藩在日本国内的势力得到了尤为显著的增强。
实际上，上述中央集权化进程绵软无力，这部分是出于蓄意的手段，目的是缓和对中央集权化进程的抵触；同时也是因为现代民族国家典型的中央集权化程度在当时的日本尚属不可想象。各领地保持高度的财政自治——尽管大名有义务助力公共建设及其他支出，但当时并不存在一贯的、集中的税制——这一点很重要。全国范围内的财富差异因此十分显著。不过，德川政权向所有大名施加了一项极其重要的财政（战略）负担。1630年代后期，德川家光实行了参勤交代（sankin kôtai）制度，令日本的每个大名都有义务同时在江户和他们的自有领地保有居所。并且，大名事实上还被要求每隔一年就亲赴江户居住，而大名的直系亲属则必须永久居住在江户。大名的亲属实际上就是留在江户的人质，尽管他们获得厚待。
参勤交代制度在许多方面都对现代日本的发展有重要影响。首先，保留两处通常相距遥远的常居之所，再加上每隔一年就得带着全部随从从一处“迁行至”另一处，这就形成对大名资产的严重消耗，从而能有效地抑制大名自治权力的增长。此外，即使存有异心的大名在财政上能够承受战事，人质体制也使他们不能起而反对德川统治。不能低估这些因素在稳定德川统治方面所起的作用，尤其是在德川政权的初期，一些领主对过去几个世纪的战争带来的后果记忆犹新。然而，从长期来看，参勤交代制度对财政的冲击导致巨大的社会和政治张力，在佩里叩关之前，这样的张力就已促使德川政权走向衰亡。
参勤交代制度还导致了另一重要结果——催生了“国家”意识，而这在日本历史上可能属于前所未有。所有大名，无论来自何处、无论信仰为何，都必须有一半时间常住江户，这就巩固了江户作为日本实际首都的地位（即便京都仍在名义上保留首都之称）。并且，大名的这项义务是由国家法律规定的。这样，参勤交代制度不仅促使大名及其随员认同一个以国家为单位的组织形式，而且还强化了一个事实，即国家范围内的中央权威乃是幕府这一世俗机构，而非皇室这一传统而神圣的权威。此外，由于有一半时间远离故土领地，大名与其传统地方支持网络的关系大为削弱。原是地方性领主的大名，逐渐变成了全国性人物。
参勤交代制度一个重要的副作用是，它使碎片化的国家布满交通路线和贸易机会。大名及其随员的隔年迁行串起了沿途各地的经济，市镇和贸易站因此迅速增多，由此发展起来的道路网络在世界范围内也堪称惊人。这些成就中最大的奇迹包括大坂[5] （位于连接京都与江户的东海道干线道路沿线）的飞速发展，还包括中山道干线道路（跨越日本阿尔卑斯山脉）的建设。参勤交代制度着实开启了全国性市场经济（在17世纪时急剧增长）的发展，并为19世纪时经济的快速现代化打下了基础。
参勤交代制度促成的地区流动还启动了城市化进程。至17世纪末，江户已是地球上最大的城市，拥有超过100万人口。今日东京仍然是世界上规模最大的城市之一，属于这个大都市的人口超过3500万。[6] 京都和大坂这样的地方首府城市在当时约与伦敦或巴黎规模相当，拥有约35万人口。大阪如今仍是日本第二大城市。总体而言，在17世纪末，日本大约有10%的人口在较大规模的城市居住，是世界上城市化程度最高的国家之一。不仅如此，由于新的社会稳定（及连绵战事的终结）、国内贸易的增长、教育水平的提升和农耕技术的发展，日本的人口实际上在17世纪翻了一番，至17与18世纪之交，日本人口约达3300万。比较而言，当时英国的人口约为500万，并且要到19世纪下半叶始达3000万。